A seguir os ensinamentos de João Mendes de Almeida, que identificou na gênese de quase todos os topônimos paulistas vestígios do tupi e da língua geral, a origem de Águas da Prata adviria de pay-tâ, que significaria (ainda segundo este autor) “Água Dependurada”.

Por aqui, o vocábulo prata seria uma corruptela dessa suposta palavra tupi (a qual, deve-se dizer, não se encontra registrada nos dicionários). Logo, talvez não estivesse errado quem objetasse que a expressão se originasse mesmo de prata, (que, de fato, foi o primeiro título da localidade situada no município de São João da Boa Vista), com o quê, o significado do topônimo seria “águas cristalinas” – consoante inclusive o mesmo procedimento em outras partes do Brasil.

Nestes casos, a palavra prata, como sinônimo de limpidez, de transparência, teria sido usada para definir certos rios e, por extensão, determinadas localidades (como, por exemplo, Nova Prata, no Rio Grande do Sul).

Águas da Prata emancipou-se em 03 de julho de 1935.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pgs. 36-37.