A origem dos municípios de Santo Antônio de Pádua e Aperibé remonta ao século XVIII, quando frades capuchinhos empenharam-se em catequizar indígenas da região, sendo alvo de inúmeros ataques. Somente no século XIX veio a ser dado novo impulso às obras missionárias, fazendo com que fosse construída capela nas proximidades do Rio Pomba, consagrada a Santo Antônio de Pádua, em torno da qual se reuniram famílias indígenas pacíficas. O desenvolvimento da região levou o governo, em 1843, a criar a freguesia de Santo Antônio de Pádua, sob jurisdição de São Fidélis. A freguesia progrediu rapidamente, sobretudo no setor agrícola, emancipando-se de São Fidélis em 1882, elevada a categoria de vila.

Primeiramente dedicado à cafeicultura, o fluxo migratório proveniente de Campos desenvolveu a cana-de-açúcar, consolidando a evolução econômica e demográfica. A implantação dos sistema ferroviário determinou a formação de diversos sítios urbanos, geralmente a partir das estações, como é o caso das sedes distritais de Baltazar, Paraoquena e de Aperibé. Posteriormente, em outra realidade econômica, as rodovias cumpririam o papel antes desempenhado pela estrada de ferro, surgindo novos núcleos, como Marangatu, Ibitiguaçu e Monte Alegre. Foi elevado a categoria de município em 10 de abril de 1992, desmembrado de Santo Antônio de Pádua.