O ciclo das bandeiras determinou que as margens de muitos rios paulistas se tornassem o pouso frequente dos colonos sertanistas. Este foi o caso do rio Tubaia ou Atubaia ou Tybhaia, que era como se grafava, em antigos registros, o nome do atual rio Atibaia.

Entre os bandeirantes que o alcançaram, destacou-se Jerônimo de Camargo, que se fixou no local em 1665, fundando uma fazenda de gado. No alto de uma colina, ele erigiria uma pequena capela, consagrada a São João Batista. Logo depois, o padre Matheus Nunes da Siqueira chegaria do sertão com um grupo de índios guarus, já catequizados e, por uma ordem da Câmara Municipal de São Paulo, instalou-os ao lado do sítio de São João Batista, como era conhecida a fazenda do bandeirante.

O pequeno povoado, por se situar próximo a São Paulo (ponto de partida da maioria das bandeiras) e pela paz conquistada (com a expulsão dos índios nativos), acabou por se firmar como parada obrigatória das expedições que iam rumo a Minas Gerais. Foi assim que, em torno do rio Atibaia e da capela, começou a crescer o vilarejo, quando se tornou freguesia de São Paulo, com o nome de São João de Atibaia, o qual perdurou até 1905, ocasião em que seu nome se alterou para Atibaia, simplesmente.

A propósito de Atibaia, cabe ainda um pequeno reparo à etimologia que a própria prefeitura aceita. Ao contrário do que disseram alguns estudiosos do tupi antigo, como Theodoro Sampaio, aîa não significa saudável, mas ácido, azedo. Desta forma, a interpretação que parece a mais correta é a que dá ao topônimo o sentido de rio ácido, águas ácidas, ou, mais concretamente, água salobra, o que, aliás, a própria condição de estância hidromineral de Atibaia já abona por si (do tupi, ty – rio, águas e aîa – ácido, azedo).

Atibaia emancipou-se em 27 de junho de 1769.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pg. 52.