Primitivamente as terras eram habitadas por índios botocudos. Em meados do século XIX, segundo alguns, chegou um minerador com seus escravos, em busca de ouro para livramento de penas. Depois, chegaram Manoel de Brito, José Dias Rabelo e Ladislau Júnior para cultivar a terra, sendo, mais tarde, expulsos pelos botocudos. Procedente do Rio de Janeiro chegou José Tomaz de Faria, seguido de grande comitiva, incluindo seus familiares e companheiros de aventuras, apossando-se de glebas de terras e formando a povoação.

O minerador, que primeiro chegou, explorou o solo e juntou grande quantidade de ouro. Voltou ao Rio de Janeiro levando ouro a fim de pagar crimes cometidos contra o Império, com a promessa de que voltaria para continuar a mineração. Tal não aconteceu, pois foi preso e condenado à morte. Quando aos posseiros, que vieram posteriormente, incrementaram as lavouras, formando culturas de milho. Foram expulsos pelos botocudos mas, 30 anos depois, voltaram e completaram a conquista da terra. A lavoura e pecuária constituem a maior fonte de rendas do núcleo.

O topônimo foi dado ao lugar porque havia uma fazenda chamada 'Bom Jesus'. Seu proprietário, Joaquim Pedro Pires, cumprindo promessa de uma filha, construiu uma capela dedicada a Nossa Senhora da Penha, formando-se o povoado com o nome de Bom Jesus da Penha.

Fonte: cidades.ibge.gov.br/brasil/mg/bom-jesus-da-penha/histórico