Apesar de alguns etimologistas asseverarem que este topônimo tenha se originado do tupi (de kaneé ou kani) ´é – o canindé, uma espécie de periquito), é quase certo que ele se refira mesmo à terra prometida dos judeus. O padre Armando Cardoso, grande tupinista, para fortalecer essa interpretação, mas se referindo à outra Cananéia, da Bahia, lembra em seu livro Toponímia Brasílica, que o Auto da Cananéia, de Gil Vicente (1465?-1536-37?), foi representado com estrondoso sucesso popular não muito tempo antes da morte de seu autor.

No caso paulista, poder-se-ia deduzir que se tenha dado o mesmo, uma vez que, precisamente, entre 1550 e 1600, os habitantes do povoado de Marataiama, fundado em 1531 por Martim Afonso de Souza (1500-1571), que também havia criado o homônimo baiano, na Ilha Comprida, foram se mudando para a ilha vizinha, ainda sem nome português, e que, enfim, é a atual Ilha de Cananéia.

À parte essa interpretação, a própria prefeitura da cidade refere-se à passagem pela ilha do Mestre Gomes Cosme Fernandes, dito o Bacharel, judeu exilado de Portugal em 1501, e que, antes de se dirigir para São Vicente, teria se ligado a uma índia chamda Caniné, filha do cacique Ariró, em terras situadas (a 24 graus de “ladeza” – latitude) no que hoje corresponderia à ilha.

Cananéia teria advindo, assim, não do nome da peça homônima de Gil Vicente, mas das seguidas alterações que a Terra de Caniné teria sofrido no tempo, ou seja, de Caniné, para Cananea, ou Canindé, como se disse acima – e, daí, Cananéia. A ser crer nessa interpretação, a origem de Cananéia seria mesmo a do nome do periquito que era, por sua vez, o da índia Caniné (ou Canindé).

Seja como for, antes de assumir seu atual topônimo, Cananéia chamava-se São João Batista de Cananéia. Sua emancipação deu-se em 13 de julho de 1600.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pg. 83.