O povoamento da região hoje ocupada por Duque de Caxias começou em uma área doada por Estácio de Sá em 1565 a vários sesmeiros, dentre os quais encontrava-se Cristóvão Monteiro, beneficiado com uma expressiva faixa de terra às margens do rio Iguaçu. O local hoje é conhecido como núcleo colonial São Bento, tombado pelo patrimônio histórico da união e mantido pela diocese de Duque de Caxias e São João de Meriti. Por volta de 1610 foi erguida foi erguida a igreja de Nossa Senhora das Neves, consideirada capela curada da freguesia. Já no século XVIII, foi construída a igreja de Nossa Senhora do Pilar, embarcadouro responsável por receber e transportar para o porto do Rio de Janeiro, na praça XV, o ouro e as pedras preciosas de Minas Gerais. Esse carregamento chegava a região no lombo de burro através do caminho novo. Dele ainda resta um trecho que liga Pilar a Xerém, rebatizada como Estrada Dona Tereza Cristina.

A região de Caxias era grande produtora de açúcar e cachaça. Chegou a dispor de 14 embarcadouros, inclusive no Rio Sarapuí, que dava acesso à residência de Dona Domitila Castro, a marquesa de Santos, local hoje denominado Vila São José.Mas com o fim da escravidão, que provocou a derrocada da economia agrária, as terrasforam abandonadas pelos colonizadores e só voltaram a serem ocupadas no meio do século XX. Com a chegada da estrada de ferro, em 1886, ligando a estação de Meriti à cidade do Rio de Janeiro, os rios deixaram de ser utilizados, tendo como consequência o abandono da Baixada. Com a falta de saneamento básico, a região só veio a ser abastecida de água. A cidade deve seu nome ao patrono do Exército Brasileiro, Luís Alves de Lima e Silva, o Duque de Caxias, nascido na região em 1803.