Etimologia: Foz – Substantivo feminino. Origina-se do latim “fox focis” ou “fauce” e designa ponto onde um rio termina, desaguando em outro rio, desembocadura. do – Contração da preposição “de” (posse), com o artigo masculino “o”. Jordão – Vem do hebraico “Iarden”, o que corre, que desce. Pelo grego “Iórdanos” e latim “Jordanes”. Trata-se de nome de rio da antiga Palestina.

Origem Histórica: As origens históricas do município de Foz do Jordão nos levam a desvendar o segredo de Segredo, a povoação que deu origem ao atual município. Os padres jesuítas, em sua fuga dos preadores de índios passaram pelo atual sítio de Foz do Jordão, em torno de 1628/30, surgindo uma lenda sobre tesouros ocultos. Posteriormente, a partir da expedição militar de Cândido de Almeida Souza, em 9 de setembro de 1770, foi feito o reconhecimento da desembocadura do Rio Capivarussu (hoje Rio Jordão). No sítio formou-se o distrito de Segredo, fundaram a fortaleza de Nossa Senhora do Carmo. Segundo antigos relatos, Segredo era local de passagem, onde os viajantes pernoitavam para seguir viagem.

É muito rico o achado arqueológico do município, especialmente do que está situado junto à foz do Córrego Passado do Aterrado. Em 1956, um grupo americano liderado por Frederic Lutcher Brown, instalou às margens do Rio Jordão uma fábrica de Pasta de Papel, uma usina hidrelétrica, um aeroporto e instalações adequadas. Foi um grande impulso para a economia de Segredo, que viveu altos e baixos com esta companhia.

A ideia de emancipação surgiu a partir da formação de uma Comissão, em 10 de agosto de 1993, assim composta: Zirlei Antônio de Fáveri, Jaime Szernek, Francisco Presa, Pedro Ribeiro dos Santos, Alcides Lerias da Silva e Antoninho Seibel. Numa das muitas reuniões, o sr. Anselmo Albino Amâncio sugeriu que o nome de Segredo fosse mudado para Foz do Jordão. Informou que já existiam dois municípios no país com tal nome e que o de Foz do Jordão seria facilmente identificado nos mapas. O positivo referendo popular deu-se em 8 de fevereiro de 1994.

O município de Foz do Jordão foi criado através da Lei Estadual n.º 11.250, de 15 de dezembro de 1995, com território desmembrado do município de Candói. A instalação deu-se em 1º de janeiro de 1997.