O rei de Portugal, D. José I, assessorado pelo Marquês de Pombal, em 26 de janeiro de 1765, ordenou ao Capitão-General da Capitania de São Paulo, D. Luiz Antônio de Souza Botelho Mourão, que fundasse povoados em pontos mais convenientes do Brasil.

Então, por Portaria de 5 de dezembro de 1765, D. Luiz Antônio de Souza Botelho Mourão, houve por bem incumbir a seu irmão, Afonso Botelho de Sam Payo e Souza, Tenete-Coronel das Tropas Auxiliares e figura de relêvo no governo da Capitania de Paranaguá, de formar uma povoação na enseada de Guaratuba. Como faltasse elemento humano para um povoamento rápido, Afonso Botelho apelou para o Capitão-General da Capitania de São Paulo, no sentido de que enviasse colonizadores. Com a chegada desses colonizadores, o povoado desenvolveu-se rapidamente.

Todavia, necessidade de ordem militar, principalmente, face à tentativa de ocupação da ilha de Santa Catarina, em 1768, por forças espanholas, impeliram o governo da Capitania, a elevar a povoação de Guaratuba à categoria de Vila.

Assim, em 27 de abril de 1771, a povoação de Guaratuba foi elevada à categoria de Vila com o nome de São Luiz de Guaratuba da Marinha.

Em 1938, foi extinto o município, passando a constituir um Distrito do Município de Paranaguá.

Em 1947, foi restaurado o Município de Guaratuba, desmembrado do Município de Paranaguá.

O topônimo, de origem indígena, significa:

GUIRÁ: a ave, a garça e TUBA: muito. Evidente alusão a enorme quantidade de pássaro encontrados naquela baia.