Na área deste município registraram-se conflitos de terra envolvendo os antigos proprietários de latifúndios e os colonos prussianos recém-chegados em 1827, e que, por ordem do governo provincial, foram deslocados para a região, que compreende os rios Guareí e Guarda-mor.

Neste local, no mesmo ano de sua chegada, os colonos construiriam um cemitério, diversas casas e uma capela para São João Batista, emprestando-lhe também o nome para parte da designação do povoado ao qual acoplaram a denominação de um dos rios que limitavam o lugarejo, o que resultou em São João Batista do Guareí.

A denominação permaneceria até 1934, quando foi reduzido, de município que já era, a distrito de Tatuí. Com isso, o nome foi sintetizado para Guareí apenas, denominação que persistiria, quando o distrito voltou a ser município em cinco de novembro de 1936.

Guareí, em tupi, quer dizer rio dos guarés, espécie de planta da família das rutáceas. Diz Luiz Caldas Tibiriçá que guaré vem da contração de ybyrá – árvore e ‘é – que, conforme o dicionarista, significa “ser diferente”. Assim, guaré seria a árvore diferente. Este topônimo é formado pela composição de gûaré (guaré) e ‘y (rio, águas).

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pgs. 126-127.