Originou-se com a vinda dos bandeirantes em busca de ouro nesta região. Eles foram os primeiros habitantes de Inconfidentes. Instalaram-se às margens do Rio Mogi Guaçú, que então pertencia ao Município de Ouro Fino. Como a atividade mineradora não surtiu o efeito esperado, o povoado de Mogi Acima, primeiro nome do lugar, passou a dedicar-se a agricultura.

Foi então que o ourofinense Júlio Bueno Brandão, que no exercício da Presidência do Estado de Minas Gerais, de outubro de 1908 a abril de 1909, tomou todas as providências para a aquisição pelo Governo Estadual de terreno necessário à criação de uma Colônia Agrícola de Estrangeiros, no sul de Minas Gerais. Logo em seguida foi doado ao Governo Federal, que através do Ministério da Agricultura, iniciou a instalação da colônia em 22 de maio de 1910, sob a direção do engenheiro Dr. Carlos Pereira da Silva.

Essas terras, num total de 810 hectares, pertenciam a Joaquim Policarpo Alves da Cunha, Antônio Vieira Teles, José Luiz de Souza, Lourenço Otaviano da Costa, Francisco da Costa, João Oliveira Simões, Antônio da Silva Rodrigues e outros. Ministério da Agricultura, através do Serviço do Povoamento, dividiu essas terras em 205 lotes, que foram distribuídos pelos colonos, que eram: italianos, espanhóis, portugueses, russos, estonianos, franceses, suíços e outras nacionalidades.

A Colônia Agrícola tomou o nome de Núcleo Colonial Inconfidentes, por determinação do Ministro da Agricultura, Rodolfo Nogueira da Rocha Miranda, numa homenagem a Minas Gerais, em uma alusão aos heróis da Inconfidência Mineira, como Tiradentes e Alvarenga Peixoto, este último foi proprietário de uma fazenda no Município de Ouro Fino, na época em que o território pertencia a Campanha.

O Núcleo Colonial Inconfidentes era dirigido pelo Dr. Antônio de Arantes Bueno e por Teófilo Tavares Paes. A partir de 1918, passou a ser dirigido por um zelador, cargo que foi ocupado sucessivamente por Teófilo Tavares Paes, José Toledo e José Junqueira Júnior.

A função agrícola do núcleo foi reforçada com a transferência, em 1920 do Patronato Agrícola Visconde de Mauá, do Rio de Janeiro para Inconfidentes, estabelecimento, que através dos tempos se transformou em: Aprendizado, Escola de Iniciação Agrícola, Escola Agrícola, Ginásio Agrícola, e atualmente Escola Agrotécnica Federal de Inconfidentes - EAFI.

Durante a época do Núcleo Colonial de Inconfidentes, em 1912, foi iniciada a construção da capela, pelo Dr. Antônio de Arantes Bueno, Diretor do Núcleo. Foi provisionado em 9 de janeiro de 1913, sendo seu primeiro encarregado o Revmo. Cônego Heriberto Goellersdofer, sacerdote natural da Áustria.

O topônimo da cidade é uma homenagem aos participantes da Conspiração Mineira, movimento revolucionário de 1720.

Fonte: cidades.ibge.gov.br/brasil/mg/inconfidentes/histórico