Em sentido estrito, rio sujo. A cidade herdou seu nome do rio Juquiá, que aflui à margem esquerda do rio Ribeira de Iguape, em torno do qual o povoado de Santo Antônio do Juquiá está assentado, desde o começo do século XIX (1829 é a data da finalização da capela, marco zero da cidade).

O nome do rio, composto pelas palavras ‘y (rio, águas) e ky’a (sujo), se deve à coloração escura e à qualidade caudalosa de suas águas. Deve-se acrescentar, porém, que há um outro juquiá (mas de îeke’a, também do tupi), que é um tipo de cesto empregado na pesca, oblongo e afunilado, feito de varas finas e flexíveis e usado principalmente em rios rasos e lodosos; também conhecido por cuvu, cacumbi, cacuri e jequi. O uso desta palavra, aliás (nesta última acepção, entende-se), foi tão grande, que ultrapassou os limites específicos da pesca.

Ao fazer parte do vocabulário português corrente, juquiá passou a significar justo, apertado, jequito, estando presente, inclusive, numa expressão muito usada no Amazonas: assim, “botar uma pessoa num jequi” ou “num juquiá”, no norte do Brasil, acabou sendo o mesmo que deixá-la “de saias justas” como se diz, por exemplo, em São Paulo.

Juquiá foi, respectivamente, distrito de Iguape e Miracatu (ex-Prainha). O município emancipou-se em 24 de dezembro de 1948.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pgs. 168-169.