Segundo os dados históricos fornecidos pela prefeitura, a povoação da futura Lindóia se iniciou por volta da segunda metade do século XIX. Tudo teria acontecido ao redor da Capela das Brotas, em Serra Negra, construída pelos tropeiros que estacavam no local, para descanso e oração.

O povoado se desenvolveu e foi elevado à categoria de Distrito de Paz, pela Lei 638, de 28 de julho de 1899, na Comarca de Serra Negra, passando a ser chamado distrito de Paz de Lindóia. Em 1934, o distrito se emanciparia e o Bairro de Águas Quentes, hoje município de Águas de Lindóia, passou a ser distrito do novo município, sob a designação de Thermas de Lindóia.

Daí em diante, Thermas de Lindóia intensificaria o seu desenvolvimento, o que permitiu aos políticos lindoianos da época transferirem a sede do município, de Lindóia, para o núcleo das Thermas, já com o nome, não tão diferenciado, de Águas de Lindóia. Inconformados, os lindoianos (de Lindóia, propriamente dita) iniciaram um novo processo de emancipação, que veio a ocorrer somente dez anos mais tarde, pelo Decreto 3.050, de 31 de dezembro de 1963.

Em 21 de março de 1965 foi, novamente, instalado o município de Lindóia, um dos poucos do Estado que se emancipou duas vezes: primeiro de Serra Negra, depois de Águas de Lindóia.

Conforme a prefeitura, o nome Lindóia significa o rio que não transborda. Discussões etimológicas à parte, vale a informação de que foi a lenda de uma índia, com esse nome, precisamente, que inspirou o mineiro Basílio da Gama (1740-1795), patrono da Academia Brasileira de Letras, a compor o poema A Morte de Lindóia. Como sugere o título, o autor trata da história de uma índia belíssima, chamada Lindóia, que dorme num bosque escuro e que, sem sentir, é envolvida por uma grande serpente verde. Caitutu, seu irmão, vendo toda a cena, desespera-se, mas não pode chamar Lindóia. Teme que a irmã, ao despertar assustada, irrite o monstro que a tem, totalmente, a sua mercê. Com seu arco, ele dispara uma flecha que, certeira, fere a serpente; mas atinge também o peito de Lindóia. Caitutu corre, então, para buscar auxílio em Cacambo, namorado de Lindóia. Este se precipita para o local mas, ao chegar, depara-se com o corpo inanimado de Lindóia, morta, desafortunadamente, não pelo monstro que a ameaçava, mas por seu próprio irmão.

A lenda, pouco diz das águas termais que fazem a riqueza da estação hidromineral; e menos ainda sobre a verdadeira etimologia da palavra Lindóia (de resto, incerta); mas estimula a que os próprios munícipes pensem a respeito. São poucas as cidades do Brasil cujo topônimo é o mote de um poema, como esse de Basílio da Gama.

Lindóia emancipou-se em 28 de fevereiro de 1964.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pgs. 173-174.