Em 1565, Simão da Mota, tendo recebido a doação de uma sesmaria, edificou, sua moradia, localizada no morro da Piedade, a poucos quilômetros do local onde se encontra, presentemente, a sede municipal de Magé, iniciando a exploração das terras que lhe foram

doadas. Primitivamente habitadas pelos índios da tribo Timbiras, essas terras foram inicialmente cultivadas por portugueses e inúmeros escravos, que Simão da Mota trouxera consigo. Pouco tempo, entretanto, Simão da Mota ali se demorou. Alguns anos depois, transferia-se para a localidade denominada Magepe-Mírim, onde se localizou a atual cidade de Magé.

Por volta de 1643 surgiu, próximo a essa localidade, uma outra, a de Pacobaíba, mais tarde denominada Nossa Senhora da Guia de Pacobaíba e, finalmente, Guia de Pacobaíba. Essas localidades receberam, respectivamente, a 18 de janeiro de 1696 e a 14 de dezembro de 1755, a denominação de freguesia, apesar de na primeira delas, a de Magepe-Mirim, a igreja matriz só ter sido dada por concluída em 1747. Graças aos esforços dos colonizadores, à  contribuição do trabalho escravo e, ainda, á fertilidade do seu solo, as localidades gozaram de invejável situação no período colonial.

O desenvolvimento da agricultura e a consequente elevação do nível econômico daquela região fizeram com que o governo, em 1789, resolvesse conferir a Magé a categoria de vila. A importância do município durante o Segundo Império era grande. Para avaliá-la basta observar que em suas terras foi construída a primeira estrada de ferro da América do Sul, inaugurada a 30 de abril de 1854. Esta estrada, que se denominou Mauá e depois Estrada de Ferro Príncipe Grão-Pará, ligava as localidades de Guia de Pacobaíba e Fragoso, numa extensão de 14.500 metros.

A primeira máquina empregada na ferrovia, hoje relíquia histórica, foi cognominada "A Baronesa". A primeira estação ferroviária recebeu a denominação de "Mauá", que, em língua indígena, significa "coisa elevada". Como ocorreu em todas as zonas agrícolas do país, com o advento da Lei Áurea, Magé teve uma fase de declínio, sofrendo forte colapso na sua economia, agravada pela insalubridade do clima e pela obstrução paulatina dos rios e canais. Aos poucos, o município foi recuperando sua economia, superando seus problemas.