A história do atual município de Miguel Pereira está vinculada à de toda a região de Vassouras, da qual foi desmembrado. Naquela região, no "Caminho Novo do Tinguá", nas proximidades da margem direita do rio Paraíba do Sul, se erigiu a vila, mais tarde cidade de Vassouras e, em bifurcação, se atingia a roça do Alferes, onde se desmembraria a do Pati, que seria a primitiva sede municipal de Paty do Alferes. No Arquivo Público Nacional há referências de várias sesmarias concedidas na região, entre as quais a de Marcos da Costa da Fonseca Castelo Branco, antigo almoxarife da Fazenda Real do Rio de Janeiro, em 1708, e a Roça do Alferes.

Esse roteiro, que partia do Rio de Janeiro, ganhava, depois de transposta a serra, a roça de Marcos da Costa, Roça do Alferes, confirmando, assim, a penetração através do território do atual município, pois a sesmaria de Marcos da Costa se localizava nas proximidades das cabeceiras do rio Sant'Ana. Essa região alcançou grande prosperidade graças ao braço escravo empregado na sua lavoura, e sentiu os efeitos da abolição da escravatura, que, de resto, deixou em quase todos os municípios fluminenses um marco de decadência, provocado pela falta de braços para os trabalhos do campo.

Por volta de 1878, já se cogitava da construção de uma estrada de ferro, que partindo de Belém (atual Japeri), fosse terminar em Paty do Alferes. Em 15 de março de 1882, o Governo Federal assinava contrato com os engenheiros Luiz Rafael Vieira Souto e Henrique Eduardo Hargreves, determinando a passagem ferroviária pelos vales do rio Sant'Ana e ribeirão de Ubá. O primitivo nome da localidade era Barreiros, originado de uma área da fazenda São Francisco, de propriedade de Antônio Francisco Apolinário, em 1872.

Por ali passavam, na época, tropas de burros, que ficavam atolados, em virtude da grande quantidade de barro existente no local. Depois que se construiu a Estrada de Ferro Melhoramentos do Brasil, por volta de 1898, vencida já a serra, a localidade passou a chamar-se Fazenda da Estiva. Em 1918, seu topônimo foi mudado para Professor Miguel Pereira, ilustre figura da medicina brasileira que, com a saúde abalada, ali residiu durante vários anos, permanecendo como Miguel Pereira até hoje. Foi emancipado em 1955, desmembrado de Vassouras.