O município chamou-se primeiramente São Sebastião da Encruzilhada, depois Encruzilhada, recebendo sua denominação atual quando se desmembrou de Baependi, em 27 de dezembro de 1948. Os primeiros habitantes foram faiscadores e garimpeiros oriundos da Província de São Paulo, e exploravam ouro nas margens dos córregos da região. Depois foram chegando agricultores e senhores de escravos. Em 1858, numa colina chamada Serrinha, o capitão Manoel Domingos se estabeleceu e, segundo a tradição, foi-se originando o povoado. Em 15 de agosto de 1862, consagrou-se a primeira capela com o nome de São Sebastião.

Em 14 de novembro de 1873, passou a distrito, subordinado ao município de Baependi. Um ano depois construiu-se a paróquia.
Em 1929, o coronel Cornélio Maciel, então vereador de Baependi, fez instalar na localidade uma pequena usina hidrelétrica. O nome teve origem no fato de um povoado localizar-se ao lado da encruzilhada por onde passavam bandeirantes, garimpeiros, caixeiros-viajantes e tropeiros, que circulavam entre São João del-Rei, Rio de Janeiro, Aiuruoca e São Paulo. Saint Hilaire faz referência à Encruzilhada, arraial que se formou no sítio de Manoel de Sá, ao redor da Capela de São Sebastião.