Um nome bem apropriado para o município, que é uma ilha com 74 quilômetros de extensão e três a quatro quilômetros de largura. Sua denominação, ao longo dos anos, foi Ilha do Mar, Ilha do Mar Pequeno, Ilha Grande da Costa do Mar, sempre em referência ao seu tamanho e à sua localização geográfica; Ilha do Candapuí, que é o nome do rio importante do município; e Ilha Branca, por causa da areia das praias que a circundam. A denominação atual não se sabe precisamente, quando passou a ser usada, mas se supõe que, coexistindo com as outras variantes, tenha surgido já no século XVI.

A ilha era habitada pelos índios carijós e, em 1502, o português mestre Cosme Fernandes, que ficaria conhecido como o Bacharel de Cananéia (dizem que era muito culto, daí o título), tendo fugido de Portugal, na esquadra de Américo (1451-1512), aportou na Ilha do Bom Abrigo, marco terminal sul do Tratado de Tordesilhas.

Não muito tempo depois, ele se transferiria para a Ilha de Marambaia, como os índios a chamavam, a fim de fazer o reconhecimento de terras. Aí foi capturado pelos carijós. Após correr sério risco de vida, o Bacharel conquistaria a amizade dos índios com os quais, desde então, passou a viver. Assim, em 1531, quando Martim Afonso de Souza (1500-1571) desembarcou na ilha, encontrou o português já casado e dispondo de certo poder no vilarejo por ele fundado, o qual, mais tarde, seria transferido para a Ilha de Cananéia, dando origem à cidade do mesmo nome.

O atual território de Ilha Comprida resultou, formalmente, do desmembramento dos municípios de Cananéia, do qual foi distrito, e de Iguape.

Ilha Comprida emancipou-se em 30 de dezembro de 1991.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pg. 141.