Lagoa da Prata tem sua origem e nome ligados à lagoa de águas límpidas que abrigou em suas margens, o casario de seu fundador, o Coronel Carlos José Bernardes Sobrinho, no final do século XIX. Batizada de Lagoa da Prata, conforme a cultura popular, por padres missionários que assistiram ao resplandecer dos raios do sol sobre suas águas, a Praia Pública, construída e inaugurada em 1968 é hoje a principal atração turística do município, que procura preservar suas margens e melhorar a infra-estrutura para melhor receber os turistas. Sua história começa em 1789, quando, desmembrado de Tiradentes, foi criado o município de Itapecerica, constituído de 34 distritos (ou divisões) chamados ordenanças do reino. Dentre eles, havia uma parte chamada de Pântano, a 12a localizada.

Outra era Santo Antônio do Monte. A decadência das minas gerais, na Província, ocasionaram certa evasão de mineradoras à busca do ouro descoberto no outro lado do Rio São Francisco, em Goiás Velho e Paracatu. Essa afluência ocasionou o deslocamento de pessoas nas margens são-franciscanas, inclusive buscando a Picada de Goiás – próxima do reduto – e o Pântano começou a ser povoado. Na Segunda década do século XIX, um português chamado Manuel Novato, ao adquirir certa área rural, perto do lugarejo, construiu um aterro a frente a um brejo, onde uma lagoa foi formada. Eram buscados recursos hidráulicos para atenderem artifícios utilitários.

No ano de 1841, os irmãos Francisco e Alexandre, filhos de Fortunato José Bernardes – vindos de Carmo da Mata (junto a dois outros irmãos: Carlos e Amâncio) – assumem o controle da passagem sobre o Rio São Francisco. Pouco depois, um filho do Francisco, de nome Carlos José (que havia se casado na cidade Oliveira e se tornara viúvo), casa-se com Alexandrina, sua prima, filha do Alexandre, quando edifica um sobrado, próximo à lagoa e passa a morar no palacete que mais tarde tomou o nome de “Museu Dona Alexandrina”. Era 1875. Anos antes, em 1862, quatro Missionários Franciscanos, liderados por D. Eugênio Maria de Gênova, passando por ali, viram a beleza da lagoa sem nome e encantados com o panorama, deram-lhe o nome de Lagoa das Pratas, conforme a história registra.

Esse nome foi sofrendo alterações a pronuncia até formalizar-se: Lagoa da Prata. Em fevereiro de 1916, ao criar-se a via ferroviária da região, foi dado a estação daqui o nome da lagoa. E em fevereiro de 1925 o povoado é elevado á categoria de Distrito quando recebe o nome da estação, noutra mudança à toponímia: Lagoa da Prata. O Distrito cresce e se desenvolve rápido, justificando-se a sua elevação à categoria de Município. Essa emancipação sonhada e pleiteada acontece no dia 27 de dezembro de 1938, quando se desliga, administrativamente, de Santo Antônio do Monte, de que se originara.