Informa a prefeitura que a colonização do local onde hoje está localizado o município de São João do Pau d’Alho iniciou-se com a fundação de uma povoação em territórios pertencentes ao município de Tupi Paulista. Seus fundadores, oficialmente, são Evaristo Cavalheri, Jorge Mazzo, José Antônio Sanches, Gustavo Kuester e José Marin Ruiz.

Ao que consta, foram eles também que, no dia 13 de dezembro de 1949, fizeram edificar no lugar a primeira igreja do atual município, na qual se procedeu, no dia 20 de janeiro de 1950, à primeira missa e de onde partiu, no dia 29 de outubro de 1950, a primeira procissão.

A cidade de São João do Pau d’Alho leva este nome não apenas por ter sido fundada no dia de São João Batista, mas, também, por causa da árvore conhecida como pau d’alho, que, à época, abundava na região.

No dia 24 de junho de 1949, data da efeméride do padroeiro do município, passou a se denominar São João do Pau d’Alho. Em 1953, a cidade foi elevada à categoria de distrito de Tupi Paulista e, logo depois, em 18 de fevereiro de 1959, se emanciparia pela Lei 5.285.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pg. 264.