Informa a prefeitura que a cidade recebeu esse nome em homenagem à famosa índia Paraguaçu, que viveu na Bahia com Diogo Álvares, o Caramuru, o que uma certa corrente romântica consideraria a primeira grande história de amor brasileira. Conforme os registros históricos, Paraguaçu, que foi batizada em 1531 com o nome de Catarina, teria sido de grande importância para os portugueses em sua fixação na Bahia.

Na geografia paulista, porém, com a transposição simbólica, do casal, para duas localidades, a tal história de amor parece não ter sobrevivido ao progresso. Com efeito, antigamente, a cidade de Caramuru era vizinha de Paraguaçu. Só que, com a construção da ferrovia, Caramuru desapareceria do mapa: primeiro com a fundação de Cardoso de Almeida e, em seguida, com a de Sapezal. De qualquer modo, a denominação da cidade, que conservou o nome da índia, persistiu: advém da composição de pará (rio) e gûasu (grande).

O “Paulista” do topônimo deve-se à existência de um rio na Bahia e, outro, em Minas Gerais, com o mesmo nome. A propósito, Paraguaçu foi Araguaçu, antes de voltar a ser Paraguaçu; e sempre como distrito de Conceição do Monte Alegre (atualmente distrito da própria Paraguaçu Paulista). O município emancipou-se em 30 de dezembro de 1924.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pg. 211.