A cidade está situada numa antiga área caingangue, nação que ocupava os chamados Campos de Avanhandava até o rio Feio. A invasão das suas terras se deu a partir de 1900, quando o padre Claro Monteiro Homem de Melo foi enviado à região para, em princípio, catequizar os índios; não muito tempo depois, entretanto, acabaria expulso das matas, no entorno do rio Feio.

Não sendo então possível o que o sistema da época alegadamente considerava uma “invasão pacífica” em 1907, Manuel Bento da Cruz, que, para a então Província de São Paulo, era o presumível proprietário das terras caingangues, doou um terreno para que, à força, fosse atingido o quilômetro 216 da Ferrovia Noroeste do Brasil.

A investida foi exitosa, procedendo-se, logo em seguida, à inauguração da estação Presidente Afonso Pena, nome que nasceria em homenagem a um dos presidentes do Brasil durante a chamada República Velha (1889-1930).

Em 1908, o frei Bernardino de Lavalle toma posse das terras circunstantes à estação, que haviam sido doadas por Manuel da Cruz aos frades capuchinhos de São Paulo, a fim de que eles organizassem um povoado, que imediatamente se chamou Penápolis, isto é, “Cidade de Pena”, do grego pólis, em referência à estação que homenageou o presidente Afonso Pena.

Da história restou, enfim, como subentendido, que os índios foram expulsos ou mortos (os caingangues moram, atualmente, nas aldeias de Araribá, em Avaí, de Icatu, em Braúna, e de Vanuíre, em Tupã). Em 1909, o lugarejo seria guindado à condição de distrito de São José do Rio Preto e, mais tarde, de Bauru, do qual se emanciparia em 22 de dezembro de 1913.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pgs. 217-218.