Segundo a prefeitura, o nome deste topônimo teria a sua origem no tupi e significaria “caminho do porto do rio”, numa referência ao ancoradouro do rio Grande, que banha a cidade. O que, de imediato, compromete essa interpretação é a inexistência, no tupi, dos sons r (o de rato), f (e nem o l (o que levou Pero Magalhães Gândavo a dizer que os índios não tinham nem fé, nem lei, nem rei).

O problema, enfim, seria insolúvel se documentos do século XIX não evidenciassem a grafia original do município. Lê-se, a respeito, na lei de criação da vila, de 1873, que era imposto a alteração do nome do então Arraial do Cervo para Santo Antônio da Arrifana.

É de se supor, por aí, que a dita denominação se referisse aos recifes (ou arrifes, uma variante antiga da palavra) do rio Grande (com a sufixação da palavra árabe al rif – arrife, arrecife, recife – pelo sufixo português de quantidade – ana), que, de fato, marcam o trecho do rio que corta o município e que é navegável em alguns trechos. No caso, a navegabilidade diz respeito, principalmente, às balsas, as quais, de margem a margem, eram o meio de transporte que sustentava o comércio de São Paulo com Minas.

Como freguesia, Rifaina pertenceu a Franca; mais tarde, já como distrito, faria parte do território de Pedregulho, do qual se emanciparia em 24 de dezembro de 1948.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pg. 243.