Conta a história que o "batismo" da localidade com nome de Rio Bonito se deveu ao fato dos "Sete Capitães", ao se dirigirem a Macaé, ficarem impressionados com um belo riacho que atravessava a região. Porém, as informações sobre o povoamento de Rio Bonito datam da segunda metade do século XVIII. Em 1755, o sargento-mor Gregório Pereira Pinto, ou Gregório Pinto da Fonseca, mandou construir em sua fazenda, posteriormente chamada "Bernarda", uma capela em homenagem à "Madre de Deus", figurando como um dos primeiros colonos da região. O entorno do templo religioso não tardou a ser habitado por pessoas. Em 1768, o pequeno povoado era elevado à categoria de freguesia, sob a denominação de Nossa Senhora da Conceição do Rio d'Ouro. Mais tarde, a sede da freguesia foi transferida de local, passando a ser conhecida por Nossa Senhora da Conceição do Rio Bonito.

Arruinado o templo, outro foi construído a cerca de uma légua do primeiro, mantido sob a proteção da mesma padroeira, passando a freguesia a ser conhecida como "Nossa Senhora da Conceição do Rio Bonito". Após certo período de participação no ciclo de cana-de-açúcar, a economia local foi envolvida pela expansão do café, que passou a ocupar as melhores terras da região, tornando-se em pouco tempo uma de suas maiores fontes de riqueza. O progresso apresentado pela freguesia induziu governo, em 1846, a criar o município de Nossa Senhora da Conceição do Rio Bonito, cuja emancipação deu-se com o advento da Lei provincial n° 381, de 7 de maio daquele ano, e a instalação em 1° de outubro, cujas terras foram desmembrada dos municípios de Saquarema e Capivari (atual Silva Jardim), sendo elevada à categoria de vila.

A autonomia administrativa e a escolha de Rio Bonito como terminal de um ramal da Companhia de Ferro-Carril Niteroiense fizeram da localidade o verdadeiro entreposto da produção e do comércio da região. O desenvolvimento da vila motivou sua elevação à categoria de cidade em 1890. Devido à topografia acidentada, foram ocupadas, inicialmente, as áreas planas existentes entre a BR-101 e a Serra do Sambê. As áreas urbanizadas e com maior adensamento estendem-se, principalmente, ao longo e nas adjacências do Rio Bonito e na Estrada de Ferro Leopoldina, com ocupação de encostas na região noroeste da cidade.