A região norte-fluminense, onde se estende o território do atual município de São João da Barra era habitada pelos Goitacás. Quando, em 1534, o rei de Portugal dividiu o Brasil em capitanias hereditárias, ficaram essas terras compreendidas na capitania de São Tomé, ou Paraíba do Sul, doada a Pero Góis da Silveira. Pero Góis só chegou ao Brasil em 1539, tomou posse de seus novos domínios e iniciou a construção de um aldeamento, que recebeu, em 1540, a denominação de vila da Rainha. Essa povoação transformou-se mais tarde na vila de Itabapoana, sede de um dos distritos do atual município.

Estabelecido o aldeamento, o donatário cuidou do desenvolvimento de suas terras, promovendo culturas de cana-de-açúcar, mediante distribuição de mudas trazidas da capitania de São Vicente. Após essas primeiras medidas e no propósito de ampliar as possibilidades econômicas do núcleo, Pero Góis voltou a Portugal, em busca do material necessário à construção de engenhos para a fabricação de açúcar. Ao regressar, no entanto, encontrou as terras em abandono. O administrador por ele escolhido e os colonos haviam se retirado da região, intimidados pelos constantes ataques dos índios.

Ainda assim, tentou Góis reorganizar suas plantações, mas, insatisfeito com os resultados de seus esforços e desiludido de fazer reviver a vila da Rainha, retirou-se para a Europa. Voltaram os Goitacás a ocupar a terra abandonada, até serem, mais tarde, expulsos pelas expedições de bandeirantes; estas, no local onde hoje se ergue a cidade estabeleceram um "pouso de tropas", iniciando o repovoamento da região. Por volta de 1630, espalhada a notícia da riqueza do solo, afluíram novas levas de colonizadores, que se fixaram nas imediações do primitivo "pouso de tropas" e da capela erigida nas cercanias e dedicada a São João Batista da Barra.

Os sucessores de Pero Góis da Silveira, em face do insucesso da colonização, haviam, já então, renunciado à capitania. Parte desta, compreendendo o local onde mais tarde seria fundada a vila de São João da Praia, fora doada, em 1627, a Antônio Pacheco Caldeira, Antônio de Andrade e Domingos Pacheco; dessa distribuição resultou o novo surto de prosperidade. A partir dessa época, verificou-se maior afluxo de colonos, estenderam-se as áreas exploradas, surgiram novas plantações, principalmente de cana-de-açúcar. São João da Barra foi elevado à categoria de cidade em 1850.