Essa região surgiu por volta de 1930, devido a um rancho feito ao lado de uma bela lagoa, por Antônio Balbino. Esse rancho atendia tropeiros e boiadeiros, que passavam ali com mercadorias e boiadas para Coração de Jesus, Montes Claros, Jequitaí, São João das Veredas (Rebentão), entre outros, e vendia mantimentos e outras mercadorias. Além de mercadorias, o rancho vendia também cachaça e fumo. Segundo fala popular, eles pitavam (fumo) e bebiam. Em Lagoa dos Patos, cidade vizinha, havia também comércio semelhante e lá, por ser uma comunidade maior, recebeu o apelido de “pitão” e essa região o de “pitinha”.

Nessa época, por volta de 1938, já havia ali uma comunidade. A lagoa que deu origem ao município já não existe mais, ela foi aterrada despropositadamente pelo processo de urbanização. Em 1995, após uma tentativa sem sucesso, graças ao esforço do povo e da Comissão de Emancipação, através do decreto de lei nº 12.030, o município foi emancipado e passou a denominar-se definitivamente São João da Lagoa, contemplando o desejo de seus moradores. A região que se chamava “pitinha” passou a chamar-se São João da Lagoa, em homenagem ao padroeiro do local, São João Batista, e à lagoa que ali existia.