Embora o Instituto Geográfico e Cartográfico de São Paulo – IGC registre que São José do Rio Pardo tenha sido fundado em 1876, a data que a prefeitura considera como tal é 1865. Com efeito, naquele ano, graças à doação das famílias que então formavam o povoado, foi rezada uma primeira missa na capelinha recém-construída, dedicada a São José, padroeiro da cidade.

Não muito tempo depois, já como freguesia e sob a jurisdição alternada, ora de Caconde, ora de Casa Branca, o vilarejo cresceria no rastro da cafeicultura até se emancipar, como vila, em 20 de março de 1885. Em 1891, São José do Rio Pardo recebeu o título de Cidade Livre do Rio Pardo, para voltar a ser, uma semana depois, simplesmente, São José do Rio Pardo.

A breve alteração do topônimo se daria por um fato até certo ponto notável: a proclamação da República aconteceu em São José do Rio Pardo, bem antes que no resto do Brasil. Tudo teria ocorrido em 1889, por causa de um incidente envolvendo Francisco Glicério, republicano histórico que, rumo a Caconde, tinha se hospedado no Hotel Brasil (ainda existente), e que, ao ser preso por suas ideias, depois de um tiroteio, provocou a revolta dos republicanos da cidade; eles tomaram a delegacia, aprisionado inclusive o próprio presidente da Câmara Municipal.

As autoridades monárquicas, dias mais tarde, voltariam à carga e restaurariam a antiga ordem. Três meses depois, porém, com a proclamação da República no Brasil (1889), seriam os republicanos que retomariam o poder, só que, agora, em definitivo.

No mais, em 1897, já como município e com a sua atual denominação, São José do Rio Pardo voltaria a ser notícia, desta vez em virtude de queda de uma ponte, que seria reconstruída, sempre sobre o rio Pardo, por ninguém menos que Euclides da Cunha, igualmente republicano, engenheiro, mas, sobretudo, o grande escritos de Os Sertões. Seria, aliás, em São José do Rio Pardo, numa pequena cabana, contígua à ponte em construção, que Euclides da Cunha escrevia parte de sua grande obra, que o fez famoso, não apenas no Brasil, e que permanece como um dos marcos da literatura brasileira em todos os tempos.

No que respeita ao nome do santo que faz a primeira parte do topônimo do município, e que é bastante popular tanto no Brasil como em Portugal, a fim de que fosse evitada confusão com outros municípios homônimos, foi-lhe acoplada a denominação do curso d’água que o atravessa, isto é, o rio Pardo.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pg. 266.