A região onde hoje situa-se o município de São José do Vale do Rio Preto foi outrora o desconhecido Sertão da Serra Acima, morada dos índios Purus, que deixaram velhas trilhas pelas quais começou a penetração do território pelos aventureiros brancos, subindo por veredas íngremes na vegetação nativa na Serra dos Órgãos ou Vale do Paraíba. Segundo o Prof. João Victor Regazzi, pioneiro da história dos Sertões da Serra Acima, esta vasta área compreendia os termos atuais de Petrópolis, Teresópolis, Três-Rios, Sapucaia, Sumidouro, Carmo, Duas Barras e Nova Friburgo.

Documentos antigos comprovam a existência de grandes plantações de milho antes do ciclo do café que se deu a partir de 1800. Em 1813, São José foi elevado a Curato com a denominação de São José de Serra Acima e dois anos depois elevado à freguesia, com o nome de São José da Serra. Em 1833, passou a pertencer a Paraíba do Sul. Em 1874, foi São José anexado ao município de Sapucaia. Incorporado ao município de Petrópolis (1892), passou a ser seu 5º distrito, com o nome de São José do Rio Preto. Finalmente, com a conquista da emancipação em 1987, tornou-se um município com nova denominação - São José do Vale do Rio Preto.

A emancipação foi a vitória de toda a comunidade rio-pretana. Com a instalação do município foram criados os símbolos e as primeiras unidades administrativas, instalaram-se os poderes Legislativo e Executivo em prédios próprios. No brasão de armas do município, estão presentes as representações do rio Preto, da Estrela Dalva e da Coroa Real dos Bragança que tem ligações Históricas com a região.