O território de São José dos Pinhais, habitado por índios coroados, sofreu a primeira incursão de civilizados em 1642, quando mineradores procedentes de São Paulo penetraram pela Serra do Mar até as jazidas do rio São João, sobre a Serra de Araçatuba. A tradição, compendiada por Saint-Hilaire, afirma ter sido esta a primeira povoação existente no planalto curitibano. Documentos antigos frequentemente a citam sob o nome de Arraial Grande, aglomeração de mineiros. Ainda hoje existem vestígios dos trabalhos feitos para a extração do ouro.

A esses primeiros povoadores da região seguiram-se desbravadores que fixaram residência em choupanas espalhadas pelas fazendas de criar, onde também fizeram plantações. Afora a procura de metais preciosos e a criação de gado, a exploração do mate foi outro fator determinante do povoamento. O motivo principal da criação do município, todavia, foi a doação de terras feita por Antônio Taques e sua esposa a uma imagem de Bom Jesus dos Perdões - que seria o primeiro nome do arraial a formar-se. Em 1690, o padre João da Veiga Coutinho erigiu uma capela, doando-lhe todos os seus bens, dentre os quais as fazendas de Capocu e Águas Belas, onde se erguia o templo.