A colonização das terras que atualmente constituem o município de São Pedro da Aldeia remonta aos princípios do século XVII. Foi em 1617, precisamente em 16 de maio, que no território da atual comuna fluminense se verificou a fundação da "Aldeia de São Pedro", com o inicio da construção da capela dedicada a São Pedro, primeiro marco de colonização levantado nessas terras. Essa fundação deveu-se aos missionários da Companhia de Jesus, possuidora da concessão de uma sesmaria, medindo 4 léguas de terra, a serem demarcadas na região. Tudo faz crer já existisse no lugar escolhido para sede da povoação, justamente onde hoje se ergue a cidade de São Pedro da Aldeia, um arraial indígena aproveitado pelos jesuítas como base de sua obra catequizadora.

Segundo tradição, acredita-se pertencessem os índios às tribos dos tamoios e goitacazes. Iniciada a obra de catequese, começaram desde cedo os religiosos a colher frutos de seus ensinamentos, com a melhoria das moradias e a expansão e desenvolvimento das lavouras. Com isto, aumentou a atração de forasteiros brancos, na sua maioria portugueses, seduzidos pela feracidade do solo. Ao iniciar-se a segunda metade do século XVIII, florescia o empreendimento dos jesuítas quando, atingida a Ordem pelas leis ditadas no Reino pelo Marquês de Pombal, se viram os religiosos na contingência de abandonar o controle da povoação, que passou a ser administrada pelos padres da Ordem dos Capuchinhos.

Que esses religiosos continuaram dignamente a obra de seus antecessores atesta-o o fato de já em 1795 ser a localidade incluída no rol das freguesias fluminenses, por força do alvará expedido em 22 de dezembro daquele ano, e se haver concluído a construção da igreja matriz, em 1783. Durante um século permaneceu a povoação com o predicamento conseguido em 1795. O progresso da cidade de Cabo Frio, muito próxima, não facilitava o desligamento de São Pedro da Aldeia e a freguesia, algumas vezes citada em decretos, deliberações, leis e alvarás como "Aldeia de São Pedro", teve, durante esse longo período sua autonomia impossibilitada, dada essa condição natural de satélite geográfico e econômico de Cabo Frio.

Apesar da contribuição prestada nesse período à lavoura regional pelo elemento negro escravizado, é justo que se observe que a promulgação da Lei Áurea, a exemplo do que sucedeu na maioria das comunas fluminenses, não afetou vitalmente a economia local. O que ali se verificou foi a mudança de atividades por parte dos libertos que, abandonando as lavouras, se voltaram para a pesca. Em consequência dessa rápida adaptação é que, poucos anos transcorridos após a decretação da Lei libertadora de 1888, enquanto grande parte dos municípios lutava com a mais desesperadora crise, São Pedro da Aldeia conquistava a emancipação político-administrativa.