São muitas as cidades brasileiras consagradas ao santo mártir da Igreja Católica (santo, na verdade, lendário que teria vivido entre os séculos IV e V, em Roma): desde o Rio de Janeiro, que passou a ser conhecido só sob o nome do suposto rio que hoje se sabe ser a Baía da Guanabara, até São Sebastião do Caí, no Rio Grande do Sul, que deve seu nome ao rio Caí. De qualquer modo, São Sebastião é um dos poucos municípios de São Paulo que conserva o nome do santo, sem qualquer outra indicação de uma característica geográfica particular, o que apenas confirma a precedência da adoção do seu topônimo.

Colonizado pelos sesmeiros portugueses Diogo de Unhate, Diogo Dias, João de Abreu, Gonçalves Pedroso e Francisco de Escobar Ortiz, São Sebastião obteve sua emancipação administrativa em 16 de março de 1636, quando foi elevado, oficialmente, a vila, depois de ser freguesia da vila de Santos, ainda no início do século XVII. Embora testemunha, mas também protagonista da maior parte da história do Brasil logo após o início de sua colonização, São Sebastião só encontraria na segunda metade do século XX o grande fulcro de seu desenvolvimento: atualmente, o município possui o maior terminal marítimo de petróleo da América Latina.

À parte seu especial momento histórico, o município conservará na preservação de dois sítios arqueológicos e, principalmente, na existência de uma reserva guarani, o que foi seu passado, quando os índios da nação tupi-guarani predominavam no litoral brasileiro.
São Sebastião receberá foros de cidade ainda durante o Segundo Império, isto é, a 8 de abril de 1875.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pg. 271.