São Sebastião do Alto surgiu na metade do século XVIII. Era habitado por índios Coroados e Goitacás. A principal causa do desbravamento da região foi a procura do ouro às margens dos rios Negro e Grande. Manoel Henrique, bandoleiro lusitano conhecido por mão-de-luva, era quem chefiava os garimpeiros entre os anos de 1779 e 1786. A exploração não era autorizada pelo vice-rei D. Luís de Vasconcelos e Souza, que foi obrigado a tomar medidas proibindo este tipo de atividade. Muitos garimpeiros desistiram da atividade e a grande maioria se lançou para outras terras.

Atribuiu-se aos remanescentes dos garimpeiros fracassados a criação do arraial de São Sebastião, elevado a curato em 1852. Em 28 de setembro de 1855, foi elevado a categoria de freguesia. Em 1861, São Sebastião do Alto foi desmembrada do município de Cantagalo, passando a constituir parte integrante da comuna então criada. Em 17 de abril de 1891, de freguesia passou a vila. Em 8 de maio de 1892, foi extinto passando para jurisdição de São Francisco de Paula. Finalmente, em 7 de dezembro de 1892, era restabelecido o município de São Sebastião do Alto.