Os índios cataguás habitaram a região até o século XVIII, quando foram expulsos pelos bandeirantes. Em 1785, começou a ser construída a Igreja Matriz, em estilo barroco com pinturas de Joaquim José da Natividade no estilo rococó.

Durante o século XIX, a cidade se tornou uma cidade-dormitório, pois só era ocupada pelos fazendeiros da região nas épocas de festa, permanecendo o resto do ano com as casas fechadas e vazias.

A partir do início do século XX, a extração das “pedras de são tomé” (quartzito) se tornou a principal atividade econômica da cidade.

Seu nome deve-se a uma lenda sobre o suposto encontro no final do século XVIII de uma estátua de São Tomé em uma gruta por João Antão, um escravo fugido de João Francisco Junqueira, juntamente com uma carta de escrita perfeita (impossível a um escravo analfabeto). Outra versão da lenda diz que a carta teria sido entregue na gruta a João Antão por um senhor de vestes brancas. Apresentando a carta ao seu antigo dono, como ordenado pelo senhor de vestes brancas, João Antão teria conseguido sua alforria, pois João Francisco Junqueira teria ficado bastante impressionado pelo relato do escravo e teria mesmo ordenado a construção de uma igreja ao lado da referida gruta, que hoje se encontra no que é o centro de São Tomé das Letras.

Acredita-se que o filho de João Francisco Junqueira, Gabriel Francisco Junqueira, esteja sepultado debaixo do altar da igreja, a atual Igreja Matriz. Já o “das Letras” do topônimo refere-se às inscrições rupestres que ainda podem ser vistas na gruta onde teria sido encontrada a estátua de são Tomé.

Elevado à categoria de município com a denominação de São Tomé das Letras, pela Lei Estadual n.º 2.764, de 30/12/1962, desmembrado de Baependi. Sede no antigo distrito de São Tomé das Letras. Constituído do distrito sede. Instalado em 01/03/1963.

Fonte: cidades.ibge.gov.br/brasil/mg/sao-tome-das-letras/histórico