Origem histórica: A Companhia de Terras Norte do Paraná, fundada por ingleses e posteriormente dirigida por brasileiros, foi responsável pela fundação do atual município de São Tomé. O território do patrimônio de São Tomé, ao tempo de sua colonização pertencia ao município de Cianorte, tornando-se rapidamente um núcleo promissor e rico, onde em terras fertilíssimas, as perobas, cedros, marfins e caviúnas cederam espaços a imensos cafezais.

A denominação do município foi dada pela Companhia de Terras, mais precisamente pelo departamento de topografia, o nome da localidade é referência histórica ao Caminho de São Tomé, antigo Caminho de Peabiru, via pré-colombiana que ía do litoral paulista até a cidade paraguaia de Assunción, passando pela região do atual município de São Tomé e largamente utilizada pelos povos indígenas da época do “descobrimento do Brasil”.

Na São Tomé moderna, cidade com planejamento urbanístico e rural previamente traçado, foram pioneiras as seguintes pessoas: João Batista Belinezzo, Benedito Paia, José Peres Canhadas, e mais as famílias Garcia, Moros, Aricini e Bortolocci. Sem passar pelo estágio de distrito, foi criado o município em 25 de julho de 1960, através da Lei Estadual n^o. 4.245. O primeiro prefeito municipal foi o sr, Luíz Fernando Nicolau.

Fonte: (livro) Cidades Brasileiras, origem e significado de seus nomes, Paraná. João Carlos Vicente Ferreira, ano 2000, pg. 294.