As origens de Saquarema se perdem nos primórdios da história do Brasil, quando D. João III, Rei de Portugal, em 1530, mandou uma frota, sob o comando de Martin Afonso de Souza, "tomar posse e colocar em todo o território até a linha demarcada". A frota aqui chegou em março de 1531, encontrando na região índios Tamoios, que davam à terra o nome de "Socó-Rema", em vista da existência de numerosos bandos de aves pernaltas, conhecidas como "Socó". Com a divisão do Brasil em capitanias hereditárias passou a região de Saquarema a pertencer ao citado Martin Afonso de Souza, donatário da capitania de São Vicente, mas as terras da região só vieram a ser colonizadas em 1594, quando os padres da Ordem do Carmo aí construíram o convento de Santo Alberto.

Várias fazendas se instalaram nas imediações até que, em 1960 ou 1962, Manoel Aguilar Moreira e sua mulher Catarina de Lemos fizeram erguer uma capela em honra a Nossa Senhora de Nazaré de Saquarema. Passou a curato e, em 12 de janeiro de 1755, a freguesia, sendo o Padre Antônio Moreira o primeiro vigário. Foi elevada à categoria de vila com a denominação de Nossa Senhora de Nazaré de Saquarema, em 08 de maio de 1841, desmembrada de Cabo Frio.